北京協和醫院于1955年成立中醫辦公室，1961年正式命名為中醫科，當時由著名中西醫結合專家史濟招教授擔任科室負責人。1979年聘請北京四大名醫施今墨的入室弟子、著名中醫祝諶予作為中醫科主任。數十年來始終堅持以中西醫結合作為學科建設和發展的主要方向，秉承“勤求古訓、融匯新知、誠于品德、精于專業”的科室文化，開展醫教研工作，培養了大批的中西醫結合骨干人才。

科室現有在職醫護人員43名，其中教授4名、副教授9名、主治醫師8名、住院醫師12名、護士10名，博士生導師3名，碩士生導師8名。擁有全國名中醫1名，青年岐黃學者1名，全國優秀中醫臨床人才1名，首都國醫名師1名，首都名中醫5名，北京中青年名中醫2名；全國名老中醫藥專家傳承工作室1個，國家級師承工作指導老師7名，北京市師承工作指導老師4名；北京中醫藥新時代125工程領軍人才1名、領銜人才2名、托舉人才3名。

醫療方面：設有中醫綜合、中醫糖尿病、中醫風濕免疫病、中醫肝炎、中醫腫瘤、中醫美容、中醫婦科、中醫治未病、針灸等多個亞專業門診及4個中西醫協同聯合門診（糖尿病、睡眠障礙、老年病和緩和醫學）。年門診量達15萬人次以上，約50％為外地疑難病癥患者。病房現有床位20張，以收治糖尿病及其慢性并發癥、心腦血管病、風濕免疫病為主，兼顧呼吸系統、消化系統等適合中西醫結合治療的疾??；堅持三級醫師查房和全科大查房等各項醫療安全核心制度；積極開展辨證施護，被評為“全國中醫特色護理優秀科室”。此外，還參與疑難病MDT會診，并承擔全院的中醫和針灸會診。

教學方面：為北京協和醫學院中西醫結合學系的牽頭單位，是教育部中西醫結合博士及碩士學位授權一級學科點。承擔北京協和醫學院臨床醫學八年制、“4+4”臨床醫學試點班及護理學院本科生的《中醫學》教學工作，研究生培養、中醫師承、北京中醫藥大學畢業生及進修生、留學生的中醫臨床教學等任務。曾獲北京市高等教育委員會教學成果二等獎及教育教學改革教學成果二等獎。 2009年《中醫學》課程被評為北京協和醫學院精品課程。2018年獲北京市中醫住院醫師規范化培訓“三優教學團隊”。

科研方面：承擔國家自然科學基金、科技部、國家中醫藥管理局基金及北京市自然科學基金、首都醫學科研發展基金等課題81項。近5年在研課題31項。共發表論文600余篇，其中SCI論文100余篇，總影響因子達350分以上，獲優秀論文獎20余篇。主編、參編書籍50多部。先后榮獲國家科學技術發明獎、北京市科學技術獎、中國中西醫結合學會、中華中醫藥學會、中國針灸學會等科技成果獎28項。多次在國內外學術會議上進行學術報告交流。