臨床藥理研究中心正式成立于1995年，下設辦公室、I期臨床研究病房和I期臨床研究實驗室，具備規范獨立的倫理審批和強大的支撐保障團隊。

      中心辦公室負責組織管理全院的藥物臨床試驗，對接我院42個藥物臨床試驗專業組，41個醫療器械臨床試驗專業組和1個特醫食品專業組，年承擔臨床試驗項目600余項，新開展項目200余項，近些年創新藥在藥物臨床試驗中的比例超過50%。

　　北京協和醫院藥物臨床試驗倫理委員會組建于1996年，負責審核I - IV期藥物及醫療器械臨床試驗。倫理委員會一貫秉承嚴格審查、獨立判斷的準則，在業內享有盛譽。

      北京協和醫院臨床藥理研究中心I期研究室成立于1995年，包括I期臨床試驗病房和生物分析實驗室。在國家“十五”、“十一五”、“十二五”和“十三五”重大新藥創制科技重大專項和醫院大力支持下，經過27年的持續發展，I期專業組在創新藥早期研發策略、藥代/藥效（PK/PD）關系探索、群體藥代藥效動力學以及數據深入挖掘分析為II-III期推薦劑量等方面積累了豐富經驗，成為以創新藥早期研發為特色和臨床藥理各種關鍵技術為核心競爭力的研究型病房和生物分析實驗室。I期專業組在2005年獲得ISO/IEC 17025國際實驗室質量認可證書，是國內首家取得ISO質量認可的臨床試驗機構。2015年獲批創新藥物臨床藥代藥效北京市重點實驗室；2020年被批準為國家藥監局CFDI國家級核查員實訓基地；2021年獲批國家藥監局重點實驗室。臨床藥理研究中心I期專業組是北京協和醫學院臨床藥理學的博士和碩士研究生授予點；開設特色的研究生課程—《新藥臨床藥理學》和《臨床試驗原則與轉化應用》，培養臨床藥理學專業人才。

　　2022年1月16日，北京協和醫院臨床藥理研究中心開始整建制搬遷至轉化醫學國家重大科技基礎設施（北京協和），并于2022年1月20日順利完成遷入后的第一批受試者隨訪，于2022年1月24日順利開展對外接待（立項、倫理遞交、合同洽談等）工作，這標志著協和臨床藥理研究中心在新址正式啟動，并面向社會開放。